La secretaría de docencia es la encargada de regular el funcionamiento de las  actividades de cada jefatura de programa educativo. Así mismo es el área encargada de promover entre las y los profesores de la Unidad Académica la formación y actualización docente.

Una de las tareas más importante tiene que ver con el seguimiento a las trayectorias escolares de las y los estudiantes así como a la actualización permanente de los PE.