Los orígenes de la UAEM se remontan al siglo XIX, cuando Francisco Leyva, gobernador del estado de Morelos, fundó el Instituto Literario y Científico de Morelos, a través de la Ley del 15 de junio de 1871, el cual inició sus labores el 5 de mayo de 1872. Es preciso señalar, que dicha institución no tuvo oportunidad de prosperar, pues el presidente de México en turno, Porfirio Díaz – quien además depuso a Leyva como gobernador-, tenía la idea de que el Estado respondía más a labores agrícolas que intelectuales. El poco apoyo al instituto provocó que para 1884 únicamente subsistiera la Escuela de Agricultura y Veterinaria, ubicada en Acapatzingo.
El 25 de diciembre de 1938, debido a la coincidencia de ideologías entre Lázaro Cárdenas y el gobernador del Estado, Elpidio Perdomo, se fundó el Instituto de Estudios Superiores del Estado de Morelos; su primer director fue el licenciado Bernabé L. de Elías.
En 1953, para ser precisos, y por la necesidad de incluir más carreras para el estudiantado, este organismo fue sustituido por la Universidad del Estado de Morelos, hoy UAEM. Su primer rector fue el doctor Adolfo Menéndez Samara.
Desde entonces hasta la fecha, la UAEM ha tenido quince rectores, incluido el actual, Doctor Gustavo Urquiza Beltrán.
La Ley Constitutiva y Reglamentaria del 7 de abril de 1953, publicada en el Periódico Oficial “Tierra y Libertad” el día 15 de ese mes, instauró oficialmente la universidad. El 30 de enero de 1965 fue aprobada, promulgada y publicada la Ley Orgánica de la Universidad del Estado de Morelos, la cual presentaba cambios significativos respecto a la anterior.
El 22 de noviembre de 1967, con la nueva promulgación de su Ley Orgánica, la UAEM obtiene su autonomía.
La ley Orgánica vigente de la UAEM fue promulgada el 21 de mayo de 2008 en el periódico oficial y entró en vigor el día 13 de agosto de 2008.
